Основным отличием от оригинальной игры стали новые разновидности противников:

* Бывший коммандос (Former Human Commando), также известный как просто парень с пулемётом (Chaingun Guy), — представитель военных, превращённый в зомби. Вооружён таким же, как игрок, шестиствольным пулемётом, поэтому может быть особо опасен на больших расстояниях из-за быстроты полёта пуль. Тем не менее, здоровья у него по-прежнму немного.
* Рыцарь ада (Hell Knight) — мощный мускулистый демон с закрученными на манер бараньих рогами и крепкими копытами. От барона ада отличается только цветом кожи и меньшей живучестью. Помимо этого Рыцарь Ада издаёт другие звуки. Из-за меньшего количества здоровья Рыцарь Ада встречается значительно чаще, чем Барон Ада.
* Арахнотрон (Arachnotron) похож на сильно уменьшенную версию паука-босса, в качестве оружия использует плазменную пушку, такую же, как плазмаган игрока (шары плазмы отличаются зелёным цветом). Тем не менее, её скорострельность примерно вдвое меньше, чем у пушки игрока, что, впрочем, компенсируется немалым запасом здоровья. Название монстра происходит от слов «arachnid» (англ. — «паукообразное») и однокоренных ему.
* Элементаль боли (Pain Elemental) — напоминающий какодемона коричневый монстр, выплевывающий изо рта все новых и новых потерянных душ, пока он не будет убит (в этот момент взрывается и выпускает ещё три, причем некоторые могут оказаться внутри стен). Pain Elemental стал первым врагом Doom, способным создавать других монстров. Хотя он сам по себе беззащитен, он может доставить немало неприятностей за счёт постоянно растущей армии Потерянных душ. Но у него есть слабое место — души, создаваемые в том же месте, где находится игрок, мгновенно умирают. В результате, Элементаль боли фактически беспомощен в ближнем бою.
* Ревенант (Revenant) — высокий монстр, похожий на скелет, но отличающийся белыми сплошными пластинами на месте грудной клетки. Исходя из описания данного этому монстру в Doom III, где он появляется в точно таком же виде, кости Ревенанта окружены почти прозрачной кожей, однако, если разработчики и хотели реализовать это в оригинальном 'Doom', спрайтовая технология не позволяла создать такой эффект. Среди наземных врагов ревенант один из самых быстрых по скорости перемещения. В качестве оружия использует закреплённые на плечах пусковые установки, запускающие ракеты средней мощности, причём некоторые из них могут самонаводиться (их можно отличить по дымному следу). В ближнем бою наносит мощные удары своим костлявым кулаком. Вместе с тем, имеет для ближней атаки отдельную анимационную последовательность, что позволяет, периодически подходя к нему, навязать ближний бой и убить даже слабым оружием(остальные монстры в этом случае закончат начатую атаку выстрелом). Несмотря на не очень большой запас здоровья, является одним из самых опасных врагов. Слово «revenant» с английского можно перевести как «призрак», «выходец с того света», что является прямой отсылкой к его «мёртвому» виду, или «мститель» (за собственную смерть?).
* Манкубус (Mancubus), также известный как просто толстяк (Fatso), представляет собой толстенного монстра с очень маленькой головой и очень короткими ногами. Вместо предплечий ему вмонтированы пусковые установки, из которых манкубус запускает сериями по два достаточно сильных огненных шара. Толстая кожа и слой жира хорошо защищают манкубуса, но зато он отличается медленной скоростью и большими размерами, что облегчает меткую стрельбу по нему. Среди обычных врагов второй после барона ада по количеству здоровья. Название монстра, вероятно, восходит к латинскому «mancus» что может переводиться как «бессильный», «калека», «несовершенный», с добавлением «демонического» окончания «-убус» (аналогично «инкубус», «суккубус»).
* Архвайл (Arch-Vile) — самый быстрый из наземных монстров, человекоподобное существо золотого цвета. С английского слово «vile» может переводиться как «низкий», «подлый», так что название архиподлеца ярко характеризует его уникальную способность воскрешать убитых врагов. К счастью, он лишён способности воскрешать боссов, потерянных душ, элементалей боли и других архвайлов. Это компенсируется тем, что, помимо способности воскрешать, он также может использовать крайне мощную атаку, создавая под игроком огонь, обжигающий и подбрасывающий его вверх. Дополнительная сложность состоит в том, что монстр способен делать это на любом расстоянии от игрока, и спрятаться можно только за углом. Облегчает ситуацию то, что у архвайл достаточно долгая подготовка к атаке, в течение которой перед игроком пляшут языки пламени. Обычно, этого времени достаточно, чтобы уйти с линии огня.
* Икона греха (Icon of Sin) является финальным боссом в Doom II и Final Doom. По сути это не враг, а архитектурное сооружение — огромное изображение демонического лика на стене, изо лба которого вылетают снаряды в виде кубов с черепами на гранях, и два объекта: «мозг» (который нужно поразить ракетой определённым образом) и «спаунер» (который, собственно, выпускает кубы). После соприкосновения куба с землёй на этом месте появляется случайным образом любой враг, кроме зомби, босса-паука, Потерявшихся Душ и кибердемона (в отличие от Потерянных душ, вызываемых Элементалем боли, враг, появляющийся прямо на игроке, не умирает, а напротив, мгновенно убивает его, даже в режиме неуязвимости). В игре существует секрет, который можно обнаружить, если использовать код, позволяющий ходить сквозь стены, и пройти внутрь иконы. Секрет сводится к тому, что объект «мозг» имеет спрайт, который в игре увидеть невозможно. «Мозг» на вид представляет собой голову Джона Ромеро, насаженную на кол.

Кроме того, на секретных уровнях, заимствованных из Wolfenstein 3D, присутствуют солдаты SS из этой игры. Наконец, на втором секретном уровне можно заметить повешенного Командира Кина из игры Commander Keen.

Новое оружие и предметы

Единственным новым оружием стал двуствольный дробовик, который даёт залп из 20 дробинок вместо семи обычного дробовика, что делает его особенно эффективным против демонов, какодемонов и других монстров среднего размера, при стрельбе по оконным проёмам и на ближней дистанции, но после этого достаточно долго перезаряжается.

Единственным новым предметом является мегасфера (megasphere), серый шар, который увеличивает показатели здоровья и брони игрока до 200 %.

Отличия в геймплее

Небольшим нововведением в области геймплея можно считать то, что вместо трёх небольших эпизодов, которые можно проходить в любом порядке, игра содержит один большой эпизод с периодическими текстовыми сюжетными вставками. Это означает, что игрок не лишается оружия, патронов и брони с началом нового эпизода.

Как и в Doom, дизайн уровней меняется по мере развития сюжета. Например, на Земле морпех сражается на военных объектах и на улицах городов. Дизайнеры постарались на славу и создали три десятка разнообразных уровней — от небольших «аренного» типа карт, до запутанных лабиринтов. Финальный уровень же получился с одной стороны не очень сложным в оформлении, и при этом весьма жёстким в геймплее, не позволяющим расслабиться ни на секунду.